ไฟป่าเป็นหนึ่งในอุปสรรคที่สำคัญสำหรับการฟื้นฟูป่า ซึ่งสามารถเกิดขึ้นได้ตามธรรมชาติในป่าเขตร้อนทุกประเภท แม้แต่ในป่าที่ชื้นแฉะ การเกิดไฟป่าที่ไม่รุนแรงมากอาจทำให้กระบวนการเปลี่ยนแปลงแทนที่ช้าลงและเปลี่ยนแปลงองค์ประกอบและโครงสร้างของพืชที่งอกมาใหม่ได้
การกระจายตัวของไฟในพื้นที่เพาะปลูกทางการเกษตรในเขตร้อนที่มีฤดูแล้ง ไฟป่าเป็นภัยคุกคามที่สำคัญอย่างหนึ่งต่อการฟื้นฟูป่า ในช่วงปลายฤดูฝน วัชพืชต่างๆที่เจริญเติบโตมาตลอดฤดูกาลมักจะหนาแน่นและสูงเกิน 2 เมตรจนแทบจะเข้าถึงพื้นที่ไม่ได้ พอถึงช่วงฤดูร้อน วัชพืชเหล่านั้นจะเหี่ยวแห้งและกลายเป็นเชื้อเพลิงอย่างดีสำหรับไฟป่า ทุกครั้งที่เกิดไฟป่า กล้าไม้ที่ขึ้นอยู่ระหว่างวัชพืชเหล่านั้นมักถูกเผาไหม้และตายไป ในขณะที่พวกวัชพืชโดยเฉพาะหญ้า สามารถที่จะฟื้นกลับมาอย่างรวดเร็วเมื่อได้รับฝนในครั้งต่อไป โดยอาจเจริญมาจากราก หน่อ หรือเมล็ดซึ่งฝังอยู่ใต้ดินทำให้ปลอดภัยจากความร้อนของไฟ วัฏจักรการเจริญของวัชพืชนี้ทำให้พื้นที่เกิดไฟได้ง่ายและในขณะเดียวกันก็ทำให้ต้นไม้ใหญ่หมดโอกาสที่จะขึ้นในพื้นที่ได้ การยับยั้งวัฏจักรดังกล่าวจึงเป็นกุญแจสำคัญในการฟื้นฟูป่าชนิดนี้
ไฟป่าในเขตร้อนที่มีฤดูแล้งสามารถเกิดขึ้นได้ตามธรรมชาติ จากฟ้าผ่า แต่การเกิดไฟป่าในลักษณะดังกล่าวมีโอกาสน้อยมาก การเกิดไฟป่าแบบนี้อาจจะห่างกันหลายปีหรืออาจเป็นสิบๆ ปี ซึ่งช่วงเวลาดังกล่าวเพียงพอที่กล้าไม้ต่าง ๆ เจริญเติบโตพอที่จะทนต่อการทำลายจากไฟป่าได้ อย่างไรก็ตาม สาเหตุของไฟป่าในปัจจุบันมักมาจากมนุษย์ เช่น ไฟที่ใช้เตรียมพื้นที่เกษตรกรรม ซึ่งอาจลุกลามเข้าไปในพื้นที่ป่ารอบ ๆ และเผาทำลายต้นไม้ในบริเวณใกล้เคียง ทำให้การฟื้นตัวของป่าไม่สามารถเกิดขึ้นได้
ใช้ไฟสู้กับไฟ (A) ตัดถางพืชออกเป็นสองแนวโดยให้ห่างกันประมาณ 10-15 เมตร (B) เศษพืชที่ตัดแล้วมารวมไว้ตรงกลางระหว่างแนวทั้งสอง (C) ปล่อยทิ้งไว้ให้แห้ง 2-3 วัน จากนั้นจึงเผาทิ้ง ระวังอย่าให้ไฟลามออกนอกแนวกันไฟ (D)วิธีการที่ดีที่สุดในการป้องกันไฟคือต้องแน่ใจว่าผู้มีส่วนเกี่ยวข้องหรือทุกคนในบริเวณใกล้เคียงให้ความร่วมมือและยินดีกับโครงการฟื้นฟูป่าและเข้าใจว่าไม่ควรจุดไฟในพื้นที่ใกล้แปลงปลูกป่า อย่างไรก็ตาม แม้จะใช้ความพยายามมากเท่าใดในการสร้างความตระหนักกับประชาชนในพื้นที่ ไฟก็ยังมักเป็นปัจจัยที่ทำให้เกิดความเสียหายแก่พื้นที่ป่าฟื้นฟูเสมอ ถึงแม้หน่วยป้องกันไฟป่าของกรมป่าไม้อาจช่วยป้องกันไฟได้บ้าง แต่บางครั้งเจ้าหน้าที่เหล่านั้นไม่อาจที่จะเข้าไปในทุกพื้นที่ได้ทันท่วงที ดังนั้น การจัดตั้งทีมป้องกันไฟป่าขึ้นภายในชุมชนเองจึงมักมีประสิทธิภาพดีกว่า การป้องกันแปลงปลูกป่าจากไฟป่าประกอบด้วยการทำแนวกันไฟและจัดทีมเฝ้าระวังไม่ให้ไฟเกิดขึ้นพร้อมทั้งควบคุมไฟไม่ให้เกิดการลุกลามไปในพื้นที่
ความสูญเสียอาจไม่ได้เกิดขึ้นกับต้นไม้ทั้งหมด ถ้าต้นไม้ที่ใช้ปลูกถูกเลือกมาเนื่องจากลักษณะที่ทนทานต่อไฟ ถึงแม้ว่าต้นไม้ทุกชนิดจะไหม้ไฟ แต่หลายชนิดสามารถแตกยอดใหม่ขึ้นมาได้อย่างรวดเร็ว โดยส่วนมากจะแตกยอดจากตาบริเวณคอราก เรียกกระบวนการนี้ว่า คอพพีซซิ่ง (coppicing) อย่างไรก็ตาม รอยแผลจากไฟไหม้อาจเป็นทางเข้าของเชื้อโรคได้ง่าย จึงควรตัดกิ่งที่ไฟไหม้ออกเพื่อเร่งการฟื้นตัว หลังไฟไหม้เถ้าถ่านสีดำจะดูดซับความร้อนทำให้อุณหภูมิในพื้นที่สูงขึ้นและการระเหยของน้ำมากขึ้นซึ่งอาจทำให้กล้าไม้ที่เหลืออยู่แห้งตายได้ จึงควรใช้วัสดุคลุมโคนต้นกล้าไม้เพื่อทำให้กล้าไม้รอดได้มากขึ้น
